Bei dem durchsehen des codes von WCV und beim anpassen der Config Dateien hatte ich zunächst ein kleines nerviges Problem, da "versteckte" Dateien verwendet wurden. Ich nutze nämlich Netbeans als IDE, und das blendet Dateien mit einem vorangestelltem "." standardmäßig aus.

Glücklicherweise fand ich nun in den Einstellungen von Netbeans eine Option, wo die Menge der auszublendenden Datein mittels eines Regulären Ausdrucks festgelegt wurde.

default:
    ^(CVS|SCCS|vssver.?\.scc|#.*#|%.*%|_svn)$|~$|^\.(?!htaccess$).*$

now:
    ^(CVS|SCCS|vssver.?\.scc|#.*#|%.*%|_svn)$|~$|^\.(git|svn).*$

das ist nun erst mal eine rein provisorische Lösung, da ich die Vermutung habe, dass es noch mehr außer SVN und GIT Verzeichnisse gibt, die man ausblenden sollte. Sobald ich Verbesserungen für den Ausdruck finde, wird der hier gleich aktualisiert.